Pandémies et catastrophes éco-climatiques

épisode 1/4 : Émergence des épidémies

La pression exercée sur la biodiversité favorise l’émergence de zoonoses, c’est-à-dire des maladies infectieuses animales transmises à l’être humain.C’est une évidence pour Camille Lebarbenchon, enseignant chercheur à l’Université de La Réunion, spécialiste du sujet. De plus, le commerce, légal ou non, et la consommation de nombreuses espèces animales sauvages génèrent des opportunités de transmission d’agents infectieux entre animaux sauvages et êtres humains ( Interview de Camille Lebarbenchon, enseignant chercheur à l’Université de La Réunion au laboratoire (Source)) .

On estime que les 5 400 espèces de mammifères existantes hébergent 460 000 espèces de virus. L’humanité n’a donc pas fini de croiser des espèces virales, bactériennes, parasitaires qu’elle n’a jamais rencontrées, et contre lesquelles elle est sans défense ( Article de Libération du 8/04/2020 (Source)) ( Pétition d’un collectif d’écologues (Source)) . La plupart de ces espèces sont sans danger pour les humains mais, au cours des 4 dernières décennies, 60% des maladies émergentes se sont avérées être des zoonoses, parmi lesquelles plus de 70% proviennent d’animaux sauvages ( Article de référence souvent cité par Jones & al, 2008, Nature, Global trends in emerging infectious (Source)) . La liste est longue et effrayante : fièvre hémorragique de Crimée-Congo, virus Ebola et maladie du virus de Marburg, fièvre de Lassa, coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) et syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), Nipah et maladies hénipavirales, fièvre de la vallée du Rift, Zika… Toutes ces maladies figurent sur la liste prioritaire établie par l’OMS en 2018, urgence absolue en termes de recherche… ( Article de Rodolphe Gozlan et Soushiet Jagadesh (Source)) ( IRD dans Conversation 2 mars 2020 Fièvre hémorragique de Crimée-Congo, virus Ebola et maladie du virus de Marburg, fièvre de Lassa, coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) et syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), Nipah et maladies hénipavirales, fièvre de la vallée du Rift, Zika… (Source)) .

“Cette liste comporte également une « maladie X » : ce terme énigmatique désigne une maladie infectieuse causée par un pathogène actuellement inconnu, et qui pourrait être responsable d’une épidémie internationale d’ampleur. L’OMS ne doute pas qu’elle puisse survenir, et demande donc à la communauté internationale de se préparer en prévision d’un tel scénario catastrophe” ( Article de Rodolphe Gozlan et Soushiet Jagadesh (Source)) ( IRD dans Conversation 2 mars 2020 Fièvre hémorragique de Crimée-Congo, virus Ebola et maladie du virus de Marburg, fièvre de Lassa, coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) et syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), Nipah et maladies hénipavirales, fièvre de la vallée du Rift, Zika… (Source)) .

Nous allons, à travers divers exemples d’épidémies, voir que l’élevage intensif ainsi que la destruction des écosystèmes via notamment le braconnage et la déforestation sont, en permettant la transmission de pathogènes nouveaux, à l’origine de l’émergence de différentes maladies infectieuses chez les êtres humains.

1 | La déforestation

La destruction de la biodiversité augmente les risques d’épidémies. Si on déforeste, on urbanise, les animaux sauvages perdent leur habitat et cela favorise leurs contacts avec les animaux domestiques et les humains.

Partout sur la planète, les activités humaines entraînent de profonds bouleversements des écosystèmes, de la biodiversité et de l’utilisation des terres. Les espèces animales réagissent à ces bouleversements en se déplaçant et en entrant de plus en plus fréquemment en contact avec de fortes concentrations humaines. Par exemple, des espèces animales des grandes forêts tropicales humides deviennent périurbaines voire urbaines, “expropriées” par la déforestation. De quelques êtres humains dans les grandes forêts, elles se retrouvent brutalement en contact avec des milliers voire des millions d’humains ( Article de Rodolphe Gozlan et Soushiet Jagadesh (Source)) ( IRD dans Conversation 2 mars 2020 Fièvre hémorragique de Crimée-Congo, virus Ebola et maladie du virus de Marburg, fièvre de Lassa, coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) et syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), Nipah et maladies hénipavirales, fièvre de la vallée du Rift, Zika… (Source)) .

L’exemple type est celui du virus Nipah. Les enquêtes épidémiologiques ont démontré que la déforestation a favorisé sa transmission à l’espèce humaine. Ce virus, découvert à la fin des années 1990 lors d’une épidémie ayant touché près de 300 personnes en Malaisie, est responsable d’un syndrome respiratoire aigu et d’encéphalites. Il est mortel dans 40 % des cas. Sa transmission s’est faite à travers l’ingestion de viande de porc alors que son hôte naturel est une chauve-souris frugivore vivant dans les forêts tropicales. Dans ce cas précis, une déforestation massive pour la mise en culture de palmiers à huile a provoqué un flux migratoire de chauves-souris qui ont alors été mises en contact avec des élevages de porc ( Interview de Camille Lebarbenchon, enseignant chercheur à l’Université de La Réunion au laboratoire (Source)) ( Interview de Serge Morand Écologue de la santé, directeur de recherche au CNRS et au Cirad (Source)) ( Article scientifique paru en 2002 dans un journal malaisien expliquant le lien entre la déforestation, la migration des chauves-souris et la tranmission du virus Nipah à l’Homme (Source)) .

Camille Lebarbenchon nous dit:

Les animaux sont souvent pointés du doigt, en particulier les chauves-souris. Le problème ne vient pas des espèces animales, mais des changements environnementaux issus de nos activités, qui créent des portes d'entrée pour ces virus dans nos populations.

2 | Élevage intensif

L’expansion agricole est la cause principale de déboisement dans le monde, que ce soit pour les palmiers à huile tristement célèbres, pour les cultures destinées aux animaux d’élevage ou directement pour le développement de prairies naturelles ou artificielles.

La viande et les produits laitiers accaparent 80% des terres agricoles, émettent 60% des gaz à effet de serre produits par les activités agricoles et sont la cause principale d’extinction des espèces. Les animaux sauvages ne représentent plus que 4% de la biomasse des animaux terrestres, les humains et animaux d’élevage 96 % ( Article de Libération du 8/04/2020 (Source)) ( Pétition d’un collectif d’écologues (Source)) ( Climate Change and Land — IPCC (Source)) . L’élevage a donc des impacts sur les épidémies au travers de ses conséquences sur l’extinction de la biodiversité et le climat (voir épisode 3), mais aussi de façon très directe par les pratiques d’élevage intensif qui maintiennent de très fortes densités d’animaux d’élevage, le plus souvent ayant une variabilité génétique faible les rendant plus susceptibles aux pathogènes (voir section 3). De telles conditions favorisent l’adaptation et la propagation des virus et rendent inéluctable leur transmission aux humains.

Ainsi en Chine, le système d’élevage et de commerce de volailles favorise le maintien d’une grande diversité de virus influenza depuis plus de 20 ans et est régulièrement à l’origine de cas d’infections par des grippes aviaires, chez les volailles mais aussi chez l’être humain ( Interview de Camille Lebarbenchon, enseignant chercheur à l’Université de La Réunion au laboratoire (Source)) .

Le virus H5N1, virus de la “grippe aviaire”, est apparu en Asie dans les années 1990 et a fait beaucoup parler de lui en Europe dans les années 2005-2006. Il s’agit d’un virus d’oiseau extrêmement virulent qui tue son hôte très rapidement, limitant ainsi sa transmission à d’autres hôtes et le rendant peu efficace à l’état sauvage. L’élevage industriel a créé les conditions de son succès. La propagation du virus est survenue grâce à une concentration et une promiscuité exceptionnelle d’oiseaux. Le passage à l’être humain, malgré la barrière inter-espèces, a fini aussi par se produire de ce fait, et à cause de conditions sanitaires dégradées. L’analyse de François Renaud, directeur de recherche au laboratoire “Maladies infectieuses et vecteurs”, au CNRS, est édifiante : “C’est un jeu d’essai-erreur : en théorie, le virus aviaire n’est pas transmissible à l’homme, mais à force d’essayer, il finit par passer”.

En 2009, on assiste à un scénario similaire avec le virus H1N1 dans les élevages de porcs au Mexique ( Interview de François Renaud, Médaille d’argent 2010 du CNRS, François Renaud est directeur de recherche au laboratoire Mivegec, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle. (Source)) .

3 | Antibiorésistance

Un autre problème majeur lié à l’élevage intensif est la gestion des antibiotiques. Découverte essentielle de la médecine, les antibiotiques sauvent des millions de vies chaque année et ont pour objectif de tuer ou d’arrêter la prolifération des bactéries. Leur efficacité remarquable a motivé leur utilisation massive et répétée en santé humaine et animale.

Lorsqu’une population bactérienne est mise en présence d’antibiotiques, seules les souches résistantes survivent et prolifèrent. Les souches résistantes aux antibiotiques sont donc de plus en plus nombreuses ( Article de vulgarisation sur la résistance aux antibiotique sur le site de l’Inserm (Source)) ( Article de vulgarisation sur la résistance aux antibiotique l’institut Pasteur (Source)) . En 2014, l’OMS publie son premier rapport mondial sur la résistance aux antibiotiques et souligne que « cette grave menace n’est plus une prévision, mais bien une réalité dans chaque région du monde, et que tout un chacun, quels que soient son âge et son pays, peut être touché ». Ajoutant que, si rien n’est fait, le monde s’achemine vers une ère post-antibiotiques, « où des infections courantes et des blessures mineures qui ont été soignées depuis des décennies pourraient à nouveau tuer » ( Rapport de l’OMS sur la résistance des bactéries aux antibiotiques (Source)) . L’émergence de ces bactéries multi-résistantes pourrait donc être à l’origine de nouvelles épidémies.

La médecine vétérinaire, les élevages et la contamination de l’environnement par des antibiotiques contribuent largement à l’augmentation de résistance. D’après l’OMS, plus de la moitié des antibiotiques produits dans le monde sont destinés aux animaux ( Rapport de l’OMS sur la résistance aux antibiotiques (Source)) . Ces antibiotiques vont non seulement agir sur les bactéries présentes à l’état naturel au sein des élevages, mais aussi être relargués dans l’environnement via les déjections des animaux, entraînant ainsi la présence de bactéries résistantes dans les cours d’eau et les nappes phréatiques. Elles peuvent ensuite se transmettre à l’être humain par contact direct ou via l’ingestion d’aliments issus de l’élevage. Les personnes les plus fragiles pourront alors développer des infections graves extrêmement difficiles à soigner du fait du manque d’antibiotiques efficaces sur la bactérie impliquée… ( Article de vulgarisation sur la résistance aux antibiotique sur le site de l’Inserm (Source)) ( Article de vulgarisation sur la résistance aux antibiotique l’institut Pasteur (Source)) .

Dans une interview donnée au journal Le Monde, Philippe Grandcolas, directeur de recherche au CNRS et directeur de laboratoire au Muséum national d’histoire naturelle, explique : “Dans les installations à l’européenne, la promiscuité entre un grand nombre d’animaux les rend vulnérables à des maladies qui sont traitées de façon presque permanente avec des antibiotiques. On a montré que même les rejets diffus de leurs déjections dans les milieux naturels par épandage contribuent à des phénomènes d’antibiorésistance” ( Interview de Philippe Grandcolas, spécialiste de l’évolution des faunes et du comportement des insectes dictyoptères, directeur de recherche au CNRS et directeur de laboratoire au Muséum national d’histoire naturelle pour le journal Le Monde (Source)) .

Sans oublier par ailleurs que les antibiotiques modifient la flore intestinale des animaux au profit du développement de bactéries à l’origine de la production de méthane, un puissant gaz à effet de serre; les bovins traités aux antibiotiques dégageraient 80 % de méthane en plus que des bovins non traités ( Tobin J. Hammer, & al, 2016, Treating cattle with antibiotics affects greenhouse gas emissions, and microbiota in dung and dung beetlesProc. R. Soc. B.28320160150 (Source)) .

4 | Braconnage

Le braconnage est malheureusement une autre pratique répandue dans le commerce de viande animale.

Le Pangolin est un animal sauvage classé en danger critique d’extinction (liste rouge de l’Union internationale pour la conservation de la nature). Or cette espèce est parmi les plus braconnées dans le monde, pour la consommation de sa viande et l’utilisation de ses écailles dans certaines médecines traditionnelles. Plus de 20 tonnes sont saisies chaque année dans le monde, ce qui permet d’estimer à plus de 200 000 le nombre d’animaux abattus illégalement ( Article de Géraldine Véron, MNHN dans Conversation 2 mars 2020 « fact check : le pangolin a-t-il pu servir de vecteur au COVID-19 » (Source)) . Les animaux capturés, vivants ou morts, sont stockés en grand nombre dans des enclos exigus dans les marchés où ils peuvent être en contact à la fois avec d’autres animaux vecteurs de divers virus et les humains, le grand nombre permettant une multiplication exponentielle du ou des virus les infectant.

Le scénario exact de la contamination de l’animal à l’être humain du SARS-CoV-2, virus responsable du Covid-19, n’est pas encore certain. Néanmoins, ce virus partage 90 % de son génome avec un coronavirus de chauve-souris que l’on trouve en Asie du Sud-Est et 91 % avec un coronavirus identifié chez le pangolin ( Interview de Camille Lebarbenchon, enseignant chercheur à l’Université de La Réunion au laboratoire (Source)) ( Article paru dans le journal scientifique Cell qui analyse des données de séquençage du génome de différents coronavirus et les compare à celle du Sars-CoV-2 (Source)) . Une hypothèse serait que le virus soit passé de la chauve-souris au Pangolin puis aux humains mais la possibilité d’un troisième animal comme hôte intermédiaire reste tout à fait possible ( Article scientifique publié dans Nature et écrit par une équipe chinoise sur le lien entre le SARS-CoV-2 et le Pangolin. (Source)) .

“Les animaux ont été transportés sur de grandes distances et sont entassés dans des cages. Ils sont stressés et immunodéprimés et excrètent tous les agents pathogènes qu’ils contiennent. […] Avec des personnes en grand nombre sur le marché et en contact intime avec les fluides corporels de ces animaux, vous disposez d’un bol mélangeur idéal pour l’émergence de maladies. Si vous vouliez un scénario pour maximiser les chances de transmission, je ne pourrais pas penser à une bien meilleure façon de le faire”, indique le professeur Andrew Cunningham, de la Zoological Society of London ( Article du Guardian, D Carrington, 25 mars 2020 “Coronavirus: Nature is sending us a message” said UN environment chief ) .

Ce lien entre braconnage et propagation des maladies est établi de longue date, comme l’illustrent le SARS-CoV et Ebola. Le SARS-CoV, virus humain le plus proche du SARS-CoV2 et responsable du Syndrome respiratoire aigu sévère ayant touché plus de 8000 personnes entre novembre 2002 et juillet 2003 dans une trentaine de pays, a été transmis par consommation de civettes infectées. Cet animal est un hôte intermédiaire qui a transporté le virus des chauves-souris à l’être humain. Il est vendu sur les marchés et consommé dans le sud de la Chine ( Article de référence sur le Sars-Cov, Clinical Microbiological Review 2007 Vincent CC Cheng et Al. (Source)) ( Article de référence sur le Sars-Cov, Clinical Microbiological Review 2007 Vincent CC Cheng et Al. (Source)) . Les civettes ne sont pas considérées comme en danger aujourd’hui, mais leur population est néanmoins en baisse ( Interview de Camille Lebarbenchon, enseignant chercheur à l’Université de La Réunion au laboratoire (Source)) F. Le nombre de fermes à civettes a explosé ces dernières années en Indonésie, au Vietnam, en Chine et en Thaïlande pour produire du «café civette», récolté dans les excréments de l’animal, à qui on fait manger les cerises du caféier ( Interview de Serge Morand Écologue de la santé, directeur de recherche au CNRS et au Cirad (Source)) . La maladie à virus Ebola est une fièvre hémorragique possédant un taux de mortalité situé entre 40 et 80 % et ayant causé de nombreuses épidémies essentiellement en Afrique de l’Ouest entre 2014 et 2015 et aussi en 2018 ( Article de vulgarisation fait par l’Inserm sur le virus Ebola (Source)) . Aujourd’hui, le bilan est lourd : plus de 13 000 décès . La consommation de viande de brousse (terme désignant de la viande issue d’animaux sauvages) et le commerce d’animaux provoquent des changements importants dans les contacts entre les êtres humains et les animaux. Des études ont démontré que les flambées d’Ebola étaient directement liées à la consommation de viande de brousse infectée ( Article de Rodolphe Gozlan et Soushiet Jagadesh (Source)) ( Revue scientifique écrite par une équipe de recherche de l’université du Minnesota en 2015 sur l’origine de la transmission d’Ebola à l’Homme (Source)) .

En 2007, la conclusion de l’article de Cheng et Al. sur le Sars -Cov ( Article de référence sur le Sars-Cov, Clinical Microbiological Review 2007 Vincent CC Cheng et Al. (Source)) disait : « La présence d’un réservoir important de virus de type SARS-CoV dans les chauves-souris Rhinolophidae combinée avec l’élevage pour la consommation de mammifères exotiques dans le sud de la Chine est une bombe à retardement ». En 2019, Corona arrive…

Conclusion

Comme nous venons de le voir, la destruction des écosystèmes et l’élevage intensif ont mis en contact des pathogènes avec les êtres humains et ainsi déclenché de nombreuses épidémies.

Mais une maladie émergeant dans un pays via une transmission entre l’animal et l’être humain ne devient pas forcément une pandémie. Pour comprendre comment cette épidémie est devenue une pandémie aussi mortelle, il est utile de regarder le rôle de la mondialisation et de nos modes de vie.

Suite au prochain épisode…

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Article rédigé par le groupe Recherche et Systémique XR France

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Références